Le développement du cerveau est un processus complexe qui s'étend de la vie fœtale à l'adolescence, sous l'influence conjointe des gènes et de facteurs environnementaux. Ainsi, l'environnement périnatal (c'est-à-dire juste avant et après la naissance) peut avoir un impact significatif sur le développement cérébral et potentiellement influencer le risque d'obésité ultérieur. Notamment, des altérations des réseaux neuronaux, en particulier au niveau d'une région spécifique du cerveau appelée l'hypothalamus, pourraient prédisposer à l'obésité. Les mécanismes en jeu impliqueraient en partie des modifications hormonales, de l’activité des gènes, et du microbiote intestinal.